تعیین ترادف ژنوم و واکاوی تبارزائی جدایه‌های نخود ایرانی، عدس و شنبلیله نانوویروس زردی بافت‌مردۀ باقلا جمع‌آوری شده از مزارع استان‌های خراسان رضوی و شمالی

نوع مقاله : مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

2 دانشگاه شهید باهنر کرمان

3 Department of Plant Protection, College of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman

چکیده

ویروس زردی بافت‌مردۀ باقلا (faba bean necrotic yellows virus, FBNYV) با نام علمی Nanovirus necroflaviviciae از خانوادۀ Nanoviridae یکی از مهم‌ترین ویروس‌های آلوده‌کنندۀ گیاهان خانوادۀ Fabaceae در آسیا، آفریقا و اروپا است. در تحقیق حاضر، ترادف نوکلئوتیدی هشت قطعه ژنوم دو جدایۀ این ویروس از گیاهان نخودایرانی و عدس از مزارع استان‌ خراسان شمالی و شش قطعۀ ژنوم جدایه گیاه شنبلیله از استان خراسان رضوی توسط واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز تکثیر، همسانه‌سازی و تعیین ترادف شدند. با مقایسۀ تجمیع ترادف (concatenated genome components) شش قطعه DNA-R، DNA-S، DNA-M، DNA-N، DNA-U1 و DNA-U4 از ژنوم، میزان یکسان‌بودن ترادف نوکلئوتیدی این سه جدایه با یکدیگر 2/96 تا 9/94 درصد تعیین گردید. از بین شش قطعه، بیش‌ترین و کم‌ترین درصد همسانی بین سه جدایه، به‌ترتیب مربوط به قطعات DNA-R (3/1-99/99) و DNA-M (8/9-97/85) به‌دست آمد. در تحلیل درخت تبارزائی رسم شده، این سه جدایه در کنار جدایه‌هائی از ایران و دو جدایه از کشور آذربایجان در یک گروه مستقل قرار گرفتند. علاوه بر این، مشخص گردید که توزیع جغرافیائی تمام جدایه‌های ایرانی با تبارزائی آن‌ها ارتباط دارد. این نتایج تأیید می‌کند که FBNYV علاوه بر گیاهان لگومینوز، در مزارع سبزیجات برگی ایران نیز شیوع دارد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Nucleotide sequence and phylogenetic analysis of chickpea, lentil and fenugreek isolates of faba bean necrotic yellows nanovirus collected in farms of Razavi and Northern Khorasan Provinces

نویسندگان [English]

  • Javad Sadeghi-Majd 1
  • Jahangir Heydarnejad 2
  • Asra Salari 3
1 Dept of Plant Protection, College of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
2 Department of Plant Protection, College of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
3 7616914111, Kerman/IRAN.
چکیده [English]

Faba bean necrotic yellows virus (FBNYV; Nanovirus necroflaviviciae, Nanoviridae) is one of the most important viruses infecting leguminous plants in Asia, Africa and Europe. In the current research, eight genomic components of two chickpea and lentil isolates of the virus, as well as six genomic components of the fenugreek isolate, collected from farms in Northern Khorasan and Razavi Khorasan Provinces, respectively, were amplified using polymerase chain reaction, cloned and sequenced. Comparison of the sequences of concatenated genome components of DNA-R, DNA-S, DNA-M, DNA-N, DNA-U1 and DNA-U4 of the three isolates showed that they shared nucleotide identity of 94.9%-96.20%. Among the six components, DNA-R and DNA-M were found to be the most and the least diverse components relative to the others (99.1% and 99.3% and 85.9%-97.8% identities, respectively). Analysis of the constructed phylogenetic tree showed that three studied isolates were clustered with other Iranian, as well as two Azerbaijani GenBank isolates, in a district group. Furthermore, the pattern of the geographic distribution of all Iranian FBNYV isolates is related to their phylogeny. These results affirm that in addition to leguminous plants, FBNYV is prevalent in leafy vegetable farms in Iran.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Chickpea
  • Lentil
  • Fenugreek
  • Nanovirus
  • Nanoviridae