توالی نوکلئوتیدی و تجزیه ژنتیکی قطعه کوچک ژنومی دو جدایه‌ ایرانی ویروس لکه زرد زنبق(IYSV) از تره و پیاز

نوع مقاله : مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 عضو هیات علمی پژوهشکده گل و گیاهان زینتی/ رییس

2 عضو هیات علمی، تهران، بلوار کشاورز، بین کارگر و جمالزاده، پلاک 346 ، طبقه 5 واحد 19 ، شرکت بازرسی تاک

3 گروه بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس

4 دانشگاه تربیت مدرس

چکیده

ویروس لکه زرد زنبق (Iris yellow spot virus, IYSV) یکی از گونه‌های گروه تبارزائی یوراسیایی جنس Orthotospovirus است که مشابه سایر گونه‌های این جنس، از نظر ژنومی دارای سه قطعه ژنومی کوچک (S) ، متوسط (M) و بزرگ (L) است. در مطالعه حاضر توالی کامل قطعه کوچک دو جدایه ویروس از میزبان تره ایرانی (Allium ampeloprasum) (IYSV-Le1M) و پیاز (A. cepa) (IYSV-O2K) و نیز ژن غیر ساختمانی قطعه متوسط (M) جدایه IYSV-Le1M تعیین شد. نتایج نشان داد که بر اساس توالی آمینواسیدی ژن‌های نوکلئوکپسید (N)، غیر ساختمانی قطعه کوچک (NSs) و غیر ساختمانی قطعه متوسط (NSm)، جدایه‌های استان مرکزی نسبت به سایر جدایه‌های ویروس لکه زرد زنبق بیشترین قرابت را با یکدیگر دارند. با این حال منطقه بین ژنی (Intergenic Region, IGR) قطعه آر ان ای کوچک این دو جدایه با سایر جدایه‌های تعیین توالی شده ویروس لکه زرد زنبق تفاوت‌های ساختمانی مشخصی را نشان داد. منطقه بین ژنی جدایه تره ایرانی دارای بیشترین طول در بین جدایه های ویروس لکه زرد زنبق تعیین توالی شده بود، این ناحیه در جدایه پیاز 440 نوکلئوتید و در جدایه‌های هندی و هلندی به ترتیب 31 و 22 نوکلئوتید نسبت به جدایه تره ایرانی کوتاه‌تر بودند. یافته‌های بررسی حاضر اطلاعات جدیدی در خصوص تنوع ژنتیکی و تبارزایی جدایه های ویروس لکه زرد زنبق ارایه می‌دهد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Nucleotide sequence and genetic analysis of the small RNAs of two Iranian isolates of Iris yellow spot virus (IYSV) from leek and onion

نویسندگان [English]

  • Hossein Bayat 1
  • Afshin Hassani-Mehraban 2
  • Naser Safaie 3
  • Masoud Shams-bakhsh 4
1 Ornamental plants research center/Manager
2 TAK Inspection Company, North Karegar Ave., Ghadr Str., no. 4, Tehran
3 Plant Pathology Department, Faculty of Agriculture, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
4 Tarbiat Modares University
چکیده [English]

Iris yellow spot virus (IYSV) is a member of the Eurasian phylogenetic group of the genus Orthotospovirus. Similar to other species in the genus, the viral particles contain three genomic fragments: small (S), medium (M), and large (L) RNAs. In the present study, the complete nucleotide sequence of the small fragment (S) RNA of two IYSV isolates from leek (Allium ampeloprasum ) (IYSV-Le1M) and onion (A. cepa) (IYSV-O2K) and the non-structural gene of the M RNA of the IYSV-Le1M isolate were determined. The results showed that based on nucleocapsid (N), small (NSs), and medium (NSm) RNA fragment non-structural genes, the isolates of Markazi Province are more closely related to each other than other IYSV isolates. However, the intergenic region (IGR) of the two isolates showed significant structural differences compared to other sequenced IYSV isolates. The IGR of the IYSV-Le1M isolate was longer than those of other IYSV isolates studied, while, for IYSV-O2K isolate, it was 440 nucleotides shorter. It was also found that for Indian and Dutch IYSV isolates, the IGR was 31 and 22 nucleotides shorter than that in the IYSV-Le1M isolate. These findings provide new information about the genetic diversity and phylogeny of IYSV isolates.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Orthotospovirus
  • Leek
  • Onion
  • IGR